Gel elektroforesia orientazio horizontal edo bertikalean egin daiteke. Gel horizontalak normalean agarosa matrize batez osatuta daude. Gel hauen poro-tamainak osagai kimikoen kontzentrazioen araberakoak dira: agarosa gel-poroak (100 eta 500 nm-ko diametroa) handiagoak eta ez hain uniformeak dira akrilamida-gelporoen (10-200 nm-ko diametroa) alderatuta. Konparatiboki, DNA eta RNA molekulak proteina kate lineal bat baino handiagoak dira, eta prozesu hori baino lehen edo zehar desnaturalizatzen dira sarritan, erraz aztertzen direnak. Horrela, DNA eta RNA molekulak maizago exekutatzen dira agarosa geletan (horizontalki).Gure DYCP-31DN sistema elektroforesi sistema horizontala da. Moldatutako gel-galdaketa-gailu honek 4 tamaina desberdineko gelak egin ditzake gel-erretilu ezberdinen bidez.
