Gel elektroforesia orientazio horizontal edo bertikalean egin daiteke.Gel bertikalak, oro har, akrilamida matrize batez osatuta daude.Gel hauen poro-tamainak osagai kimikoen kontzentrazioen araberakoak dira: agarosa gel-poroak (100 eta 500 nm-ko diametroa) handiagoak eta ez hain uniformeak dira akrilamida-gelporoen (10-200 nm-ko diametroa) alderatuta.Konparatiboki, DNA eta RNA molekulak proteina kate lineal bat baino handiagoak dira, eta prozesu hori baino lehen edo zehar desnaturalizatzen dira sarritan, erraz aztertzen direnak.Horrela, proteinak akrilamida geletan exekutatzen dira (bertikalean).DYCZ – 24DN SDS-PAGE eta native-PAGErako aplikagarria den elektroforesi bertikal bikoitza da.Gelak jatorrizko posizioan botatzeko funtzioa du diseinatutako gure gel galdaketarako gailu bereziarekin.
