Gel elektroforesia orientazio horizontal edo bertikalean egin daiteke. Gel bertikalak, oro har, akrilamida matrize batez osatuta daude. Gel hauen poro-tamainak osagai kimikoen kontzentrazioen araberakoak dira: agarosa gel-poroak (100 eta 500 nm-ko diametroa) handiagoak eta ez hain uniformeak dira akrilamida-gelporoen (10-200 nm-ko diametroa) alderatuta. Konparatiboki, DNA eta RNA molekulak proteina kate lineal bat baino handiagoak dira, eta prozesu hori baino lehen edo zehar desnaturalizatzen dira sarritan, erraz aztertzen direnak. Horrela, proteinak akrilamida geletan exekutatzen dira (bertikalean).DYCZ – 24DN SDS-PAGE eta native-PAGErako aplikagarria den elektroforesi bertikal bikoitza da. Gelak jatorrizko posizioan botatzeko funtzioa du diseinatutako gure gel galdaketarako gailu bereziarekin.
